เนื่องจากในปัจจุบัน ราคาปุ๋ยเคมีจะมีราคาแพงและมีแนวโน้มที่จะปรับราคาสูงขึ้นเรื่อยๆ ดังนั้น วิธีการใช้ปุ๋ยของเกษตรกรต้องใช้ปุ๋ยอย่างมีประสิทธิภาพและให้ได้ผลดีที่สุด คือ ใส่แล้วพืชใช้ประโยชน์ได้เต็มที่ ลดการสูญเสีย ควรใช้ให้ถูก แบ่งเป็น 4 ถูก คือ ถูกชนิด ถูกปริมาณ ถูกเวลา และถูกวิธี 

 ใช้ปุ๋ยให้ถูกชนิด 
หมายถึง ใส่ปุ๋ยสูตรเหมาะสม มีธาตุอาหารตรงตามที่พืชต้องการ ซึ่งขึ้นอยู่กับชนิดและอายุของพืช ความอุดมสมบูรณ์ของดิน และภูมิอากาศ เช่น สำหรับดินทรายควรใส่ปุ๋ยอินทรีย์ร่วมกับปุ๋ยเคมี เพราะจะทำให้ดินมีอินทรียวัตถุมากขึ้น หรือ ดินด่าง ควรเลือกใช้ปุ๋ยแอมโมเนียมซัลเฟต (21-0-0) แทนการใช้ปุ๋ยยูเรีย (46-0-0) หรือการใส่ปุ๋ยรองพื้นพร้อมปลูก ควรใช้ปุ๋ยที่มีธาตุอาหารครบ เช่น 15-15-15 เพื่อช่วยให้พืชตั้งตัวได้ดีในระยะแรก

 ใช้ปุ๋ยให้ถูกปริมาณ
ควรเก็บตัวอย่างดินส่งวิเคราะห์ เพื่อให้ทราบอัตราปุ๋ยที่ต้องใช้ให้ตรงตามระดับความอุดมสมบูรณ์ของดิน และความต้องการของพืช

 ใช้ปุ๋ยให้ถูกเวลา
คือ ใส่ปุ๋ยในช่วงเวลาที่เหมาะสม ควรทราบว่า พืชที่ปลูกนั้น ต้องให้ปุ๋ยอะไรในช่วงการเจริญเติบโตของพืช เช่น ถ้าจะใส่ปุ๋ยโพแทสเซียมเพื่อเพิ่มผลผลิต ทำให้ผลโต หรือเพิ่มน้ำหนัก ก็ต้องใส่ปุ๋ยก่อนช่วงที่พืชจะต้องใช้งานอย่างน้อย 30 วัน เพราะโพแทสเซียมเป็นธาตุเคลื่อนย้ายช้า ถ้าไปใส่ตอนที่ผลโตแล้วเรียกว่าใส่ปุ๋ยไม่ถูกเวลา เพราะกว่าปุ๋ยจะถูกลำเลียงขึ้นไปถึงใบ ผลก็แก่ได้เวลาเก็บไปแล้ว ปุ๋ยที่ใส่จึงไม่ได้ใช้ประโยชน์เลย หรือใส่ปุ๋ยมันสำปะหลังก็ต้องใส่ในช่วงอายุ 45-90 วัน เพราะระบบรากสมบูรณ์ดีที่สุด ถ้าไปใส่ตอน 8 เดือนเพื่อระเบิดหัวจะไม่ได้ผลเพราะมันสำปะหลังอายุเกิน 4 เดือนเหลือรากน้อยมาก เมื่อใส่ปุ๋ยลงไปจึงมักสูญเสียไปมากกว่าพืชดูดมาใช้

 ใช้ปุ๋ยให้ถูกวิธี
ใส่ปุ๋ยในดินที่ความชื้นเหมาะสม ไม่เปียกหรือแห้งเกินไป ให้น้ำตามหลังการใส่ปุ๋ย โดยใส่ปุ๋ยใกล้บริเวณเขตรากพืช และพรวนกลบลงไปในดิน เพื่อลดการสูญเสียของธาตุอาหาร โดยการระเหิดหรือไหลบ่าไปกับน้ำ เช่น การใส่ปุ๋ยยางพารา ปาล์มน้ำมัน หรือไม้ผล ก็ให้ใส่ที่แนวรัศมีพุ่มใบเพราะรากฝอยพืชอยู่บริเวณนั้น ไม่ใช่ใส่จนชิดโคนต้นที่มีแต่รากฝอยใหญ่ๆ ที่ดูดธาตุอาหารไม่ได้